Флотилия была создана по решению Военного совета Астраханского края 3 октября 1918 года, на месте Военного флота Астраханского края с целью обороны Астрахани, Нижней Волги и Каспия от интервентов (британского флота) и для борьбы с контрреволюцией. С весны 1919 года корабли флотилии играли важную роль в сообщении Центральной России с Туркестаном и Кавказом.